O desafio de criar um canal de comunicação mais dinâmico e menos formal entre o Presidente da República e a sociedade brasileira foi assumido no início de 2003 pela equipe da Radiobrás. Naquele momento, a ideia era fazer um programa mais dialogado e que não remetesse aos pronunciamentos dos programas gravados por outros presidentes.

O primeiro "Café com o Presidente" foi ao ar em 17 de novembro de 2003. Em pauta, o crescimento da economia brasileira e algumas questões previdenciárias. Com edições quinzenais, o programa era produzido pela empresa Toda Onda Comunicação. Em janeiro de 2005, a produção passou a ser feita pela Radiobrás, que já era responsável por sua veiculação e distribuição. Nesse mesmo ano, o programa começou a ser exibido todas as segundas-feiras.

Em dezembro de 2007, a Diretoria de Serviços da Empresa Brasil de Comunicação (EBC) assumiu a produção do "Café com o Presidente". Sem alteração no formato, 279 programas foram gravados entre 2003 e 2010 pelo ex-presidente Lula. Com o início da gestão da presidenta Dilma Rousseff, em janeiro de 2011, o nome do projeto foi modificado e passou a ser chamado "Café com a Presidenta".